As estufas de sala limpa são projetados especificamente para funcionar em um ambiente de sala limpa. Uma estufa de sala limpa incluirá recursos para reduzir o derramamento de partículas. Para as classes mais altas de sala limpa, geralmente é melhor instalar o forno fora da sala limpa, na "área cinza" para facilitar a manutenção. Nesta configuração, a câmara interna é acessada através da parede da sala limpa no estilo de "passagem".

Pode ser possível usar alguns fornos de laboratório padrão no lugar de fornos de sala limpa. A classe da sala limpa irá ditar qual tipo de forno pode ser usado. Para a classe 5 e classe 6 da ISO 14644-1, estão disponíveis fornos de sala limpa dedicados. Estes incluem características de design para prevenir contaminação causada pela liberação de partículas, como vedantes de porta de borracha de silicone livres de partículas, isolamento totalmente vedado e motores de ventilador sem escovas totalmente fechados.

ISO 14644-1 aplica-se a estufas de sala limpa. Ele especifica uma gama de classes de pureza do ar em termos da concentração de partículas em um determinado volume. As estufas de sala limpa são projetados para garantir que atendam a esse padrão de limpeza e especificarão a classe de sala limpa com a qual atendem. Os fornos de sala limpa usam recursos de design para evitar a contaminação causada pelo derramamento de material particulado. O interior em aço inoxidável e o exterior em epóxi branco são facilmente limpos.